Đặc điểm di truyền một số quần đàn cá rô phi vằn (Oreochromis niloticus) qua phân tích chỉ thị microsatellite
,
,
,
,
&
Article Sidebar
Main Article Content
Tóm tắt
Đặc điểm di truyền của cá rô phi vằn các dòng NOVIT4, GIFT thế hệ thứ 13, Trung Quốc và Philippine đã được tìm hiểu trong nghiên cứu này qua phân tích kiểu gen tại 06 vị trí microsatellite. Tất cả các vị trí nghiên cứu đều thể hiện tính đa hình cao với 51 alen được xác định, trong đó locus GM139 và UNH995 có tính đa hình alen cao nhất với sự xuất hiện tương ứng 14 và 11 alen. Hiện tượng thiếu hụt dị hợp tử mong đợi xuất hiện ở các dòng cá rô phi nghiên cứu với giá trị Ho thấp hơn He. Di truyền của 17/24 vị trí microsatellite ở bốn dòng cá sai khác có ý nghĩa so với định luật Hardy-Weinberg (P < 0,05). Giá trị Fst dao động từ 0,012 đến 0,025 thể hiện sự sai khác di truyền nhỏ giữa các dòng nghiên cứu. Tuy nhiên, kết quả phân tích biến đổi phân tử (AMOVA) thể hiện đa dạng di truyền ở mức độ phân tử giữa các cá thể trong cùng một dòng và giữa các cá thể với nhau là cao, lần lượt đạt 36,69% và 61%. Kết quả nghiên cứu này cung cấp các thông tin di truyền của các dòng cá rô phi vằn phục vụ các nghiên cứu về lựa chọn các quần đàn cá bố mẹ thích hợp khi đưa vào chương trình chọn giống tiếp theo.
Article Details
Tài liệu tham khảo
Boris, B. R., Xenia, C. O., & Marcela, S. V. (2011). Genetic diversity of six populations of red hybrid tilapia, using microsatellites genetic markers. Revista MVZ Córdoba 16(2), 2491-2498.
Botstein, D., White, R. L., Skolnick, M., & Davis, R. W. (1980). Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. American Journal of Human Genetics 32(3), 314-331.
Bui, T. L. H., Le, C., Nguyen, D., & Trinh, Q. T. (2011). Genetic diversity of Red Tilapia (Oreochromis spp) by microsatellite. Collection of 35 years of Research Institute for Aquaculture No.2. Ha Noi, Vietnam: Agricultural Publishing House.
Carleton, K. L., Streelman, J. T., Lee, B. Y., Garnhart, N., Kidd, M., & Kocher, T. D. (2002). Rapid isolation of CA microsatellites from the tilapia genome. Animal Genetics 33(2), 140-144. https://doi.org/10.1046/j.1365-2052.2002.00817.x
Cnaani, A., & Kocher, T. D. (2008). Sex-linked markers and microsatellite locus duplication in the cichlid species Oreochromis tanganicae. Biology letters 4(6), 700-703. https://doi.org/10.1098/rsbl.2008.0286
Cruz, A. M., Mills, K., Rodriguez, F., Schoua, C., Yurrita, M. M., Molina, E., Palmieri, M., & Black, W. C. (2004). Gene flow among Anopheles albimanus populations in Central America, South America, and the Caribbean assessed by microsatellites and mitochondrial DNA. The American Journal of Tropical Medicine and Hygiene 71(3), 350-359.
Deepak, J., Ram, R. N., & Pushpa. (2017). Microsatellite markers and their application in fisheries. International Journal of Advances in Agricultural Science and Technology 4 (10), 67-104.
Eguia, M. R., Ikeda, M., U Basiao, Z. U., & Taniguchi, N. (2004). Genetic diversity in farmed Asian Nile and red hybrid tilapia stocks evaluated fro microsatellite and mitochondrial DNA analysis. Aquaculture 236(1-4),131-150. https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2004.01.026
Excoffier, L., Smouse, P. E., & Quattro, J. M. (1992). Analysis of molecular variance inferred from metric distances among DNA haplotypes: Application to human mitochondrial DNA restriction Data. Genetics 131(2), 479-491. https://doi.org/10.1093/genetics/131.2.479
Fessehaye, Y., El-Elbialy, Z., Rezk, M. A., Crooijmans, R., Bovenhuis, H., & Komen, H. (2006). Mating systems and male reproductive success in Nile Tilapia (Oreochromis niloticus) in breeding hapas: A microsatellite analysis. Aquaculture 256(1-4),148-158. https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2006.02.024
Freitas, P. D., & Galetti, P. M. (2005). Assessment of the genetic di-versity in five generations of a commercial broodstock line of Litopenaeus vannamei shrimp. African Journal of Biotechnology 4(12), 1362-1367.
Freitas, P. D., Calgaro, M. R., & Galetti Jr, P. M. (2007). Genetic diversity within and between broodstocks of the white shrimp Litopenaeus vannamei (Boone, 1931) (Decapoda, Penaeidae) and its implication for the gene pool conservation. Brazilian Journal of Biology 67(4), 939-943. 10.1590/s1519-69842007000500019
Gu, D., Mu, X., Song, H., Luo, D., Xu, M., Luo, J., & Hu, Y. (2014). Genetic diversity of invasive Oreochromis spp. (tilapia) populations in Guangdong province of China using microsatellite markers. Biochemical Systematics and Ecology 55, 198-204. https://doi.org/10.1016/j.bse.2014.03.035
Hassanien, H. A., & Gilbey, J. (2005). Genetic diversity and differentiation of Nile tilapia (Oreochromis niloticus) revealed by DNA microsatellites. Aquaculture Research 36(14), 1450-1457. https://doi.org/10.1111/j.1365-2109.2005.01368.x
Kincaid, H. L. (1983). Inbreeding in fish populations used for aquaculture. Aquaculture 33(1-4), 215-227. https://doi.org/10.1016/0044-8486(83)90402-7
Kocher, T. D., Lee, W. J., Sobolewska, H., Penman, D., & McAndrew, B. (1998). A genetic linkage map of a cichlid fish, the tilapia (Oreochromis niloticus). Genetics 148(3), 1225-1232. https://doi.org/10.1093/genetics/148.3.1225
Launey, S., Barre, M., Gerard, A., & Naciri-Graven, Y. (2001). Population bottleneck and effective size in Bonamia ostrea-resistant populations of Ostrea edulis as inferred by microsatellite markers. Genet Res 78(3), 259-270. https://doi.org/10.1017/s0016672301005353
Laval, G., & Claude, C. (2002). Measuring genetic distances between breeds: Use of some distances in various short term evolution models. Genetics Selection Evolution 34(4), 481-507. https://doi.org/10.1186/1297-9686-34-4-481
Lee, B. Y., Lee, W. J., Streelman, J. T., Carleton, K. L., Howe, A. E., Hulata, G., Slettan, A., Stern, J. E., Terai, Y., & Kocher, T. D. (2005). A second-generation genetic linkage map of tilapia (Oreochromis spp.). Genetics 170(1), 237-244. https://doi.org/10.1534/genetics.104.035022
Liu, Z. J., & Cordes, J. F. (2004). DNA marker technologies and their applications in aquaculture genetics. Aquaculture 238(1-4), 1-37. https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2004.05.027
Nei, M. (1987). Molecular Evolutionary Genetics. New York, USA: Columbia University Press.
Nei, M. (1978). Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals. Genetic 89(3), 585-590. https://doi.org/10.1093/genetics/89.3.583
Nei, M. (1972). Genetic distance between population. American Naturalist 106, 283-292.
Nguyen, H. N., & Luu, T. H. G. (2013). Genetic study of microsatellite markers on hybrid tilapia producing all male fish. Journal of Agriculture and Rural Development 2, 71-76.
Nguyen, H. N., Ngo, P. T., Knibb, W., & Nguyen, H. N. (2014). Selection for enhanced growth performance of Nile tilapia (Oreochromis niloticus) in brackish water (15-20ppt) in Vietnam. Aquaculture 428-429, 1-6. https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2014.02.024
Peakall, R. & Smouse, P. E. (2006). GENALEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research. Molecular Ecology Notes 6(1), 288-295. https://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2005.01155.x
Pham, T. A., & Quyen, T. D. (2008). Comparison of microsatellite polymorphism on Prl-1 promoter gene and growth in tilapia (Oreochromis niloticus) cultured in salt water. Journal of Science and Development VI(4), 348-352.
Refstie, T., & Gjedrem, T. (2005) Reproductive traits in aquatic animals. In: Gjedrem T. (Ed.) Selection and breeding programs in aquaculture. Dordrecht, Netherlands: Springer.
Sambrook, J., & Russell, D. (2001). Molecular cloning: A laboratory manual. New York, USA: Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Shete, S., Tiwari, H., & Elston, R. C. (2000). On estimating the heterozygosity and polymorphism information content value. Theoretical Population Biology 57(3), 265-271.
Sun, L. F., Li, J., Liang, X. F., Yi, T. L., Fang, L., Sun, J., He, Y. H., Luo, X. N., Dou, Y. Q., & Yang, M. (2015). Microsatellite DNA markers and their correlation with growth traits in mandarin fish (Siniperca chuatsi). Genetics and Molecular Research 14(4), 19128-19135. http://dx.doi.org/10.4238/2015
Tran, H. T. T., Vu, T. T., Nguyen, T. H., & Nguyen, H. N. (2013). Assessment of genetic characteristics for tilapia combinations (Oreochromis niloticus) by microsatellite markers. National Biotechnology Conference (854-858). Ha Noi, Vietnam.
Ukenye, E. A., Taiwo, I. A., Oguntade, O. R., Oketoki, T. O., & Usman, A. B. (2016). Molecular characterization and genetic diversity assessment of Tilapia guineensis from some coastal rivers in Nigeria. African Journal of Biotechnology 15(1), 20-28. https://doi.org/10.5897/AJB2015.14599
Wright, S. (1969). Evolution and the genetics of populations, volume 2: The theory of gene frequencies. University of Chicago Press.
Wright, S. (1950). Genetic structure of populations. British Medical Journal 2(4669), 36-36.
Zou, Z., Li, D., Zhu, J., Han, J., Xiao, W., Yang, H. (2015). Genetic variation among four bred populations of two tilapia strains, based on mitochondrial D-loop sequences. Mitochondrial DNA 26(3), 426-430. https://doi.org/10.3109/19401736.2013.855735