Đánh giá đa dạng di truyền cây xoài (Mangifera indica L.) được thu thập từ khu vực núi Bà Đen, tỉnh Tây Ninh dựa trên chỉ thị sinh học phân tử SSR (Simple Sequence Repeats)
Main Article Content
Tóm tắt
Cây xoài (Mangifera indica L.) là loại cây ăn quả lâu năm thuộc họ Anacardiaceae. Tại khu vực núi Bà Đen tỉnh Tây Ninh, cây xoài cổ thụ được trồng xen canh với các loại cây trồng khác, diện tích khoảng 530 ha. Mục tiêu của nghiên cứu này là đánh giá sự đa dạng di truyền, mối quan hệ di truyền của các mẫu giống xoài được thu thập tại khu vực núi Bà Đen thuộc tỉnh Tây Ninh dựa trên chỉ thị hình sinh học phân tử SSR (Simple Sequence Repeats), nhằm phục vụ cho công tác bảo tồn nguồn gene. Tổng số 9 chỉ thị SSR được sử dụng trong phân tích sự đa dạng di truyền trên 30 mẫu giống xoài. Kết quả thể hiện tổng số đoạn khuếch đại thu được là 21, trung bình 2,33 đoạn/primer, số đoạn đa hình 20/21, tỉ lệ đa hình của primer là 94,4%, kích thước các đoạn khuếch đại dao động từ 200 bp - 330 bp. Kết quả cây phân nhóm di truyền cho thấy có sự đa dạng di truyền giữa 30 mẫu giống xoài thu thập với mức độ đa hình di truyền dao động từ 0 đến 0,43 với trung bình khoảng cách đa hình di truyền là 0,29. Cây phân nhóm chia thành 3 nhóm chính, trong đó nhóm I là nhóm lớn nhất với 18 mẫu giống, nhóm II gồm 7 mẫu giống và nhóm III có 5 mẫu giống. Kết quả này là nguồn thông tin hữu ích trong công tác đánh giá đa dạng di truyền phục vụ công tác bảo tồn nguồn gene và phát triển giống xoài trong tương lai.
Article Details
Tài liệu tham khảo
Aboul-Maaty, N. A. F., & Oraby, H. A. S. (2019). Extraction of high-quality genomic DNA from different plant orders applying a modified CTAB-based method. Bulletin of The National Research Centre 43(1), 1-10. https://doi.org/10.1186/s42269-019-0066-1.
Chiang, Y. C., Tsai, C. M., Chen, Y. K. H., Lee, S. R., Chen, C. H., Lin, Y. S., & Tsai, C. C. (2012). Development and characterization of 20 new polymorphic microsatellite markers from Mangifera indica (Anacardiaceae). American Journal of Botany 99(3), e117-e119. https://doi.org/10.3732/ajb.1100443.
Duval, M. F., Bunel, J., Sitbon, C., & Risterucci, A. M. (2005). Development of microsatellite markers for mango (Mangifera indica L.). Molecular Ecology Notes 5(4), 824-826. https://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2005.01076.x.
FAO (Food and Agriculture Organization). (2023). World food and agriculture - Statistical yearbook 2023. Rome, Italy. https://doi.org/10.4060/cc8166en.
Koornneef, M. (1990). Arabidopsis thaliana genetic map. In O’Brien, S. J. (Ed.). Genetic maps: Locus maps of complex genomes (694-697). New York, USA: ColdSpring Harbor.
Nei, M. (1978). Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals. Genetics 89(3), 583-590. https://doi.org/10.1093/genetics/89.3.583.
Pham, P. T., Pham, T. D., & Nguyen, P. V. (2019). Assessment on the genetic diversity of some avocado (Persea americana Mill.) varieties using microsatellite markers. Vietnam Journal of Technology Sciences 61(7), 60-64.
Pham, T. D., Huynh, B. V., & Bui, T. C. (2020). Using SSR markers for evaluation of genetic variation among sesame (Sesamum indicum L.) accessions. The Journal of Agriculture and Development 19(5), 9-19. https://doi.org/10.52997/jad.2.05.2020.
Powell, W., Morgante, M., Andre, C., Hanafey, M., Vogel, J., Tingey, S., & Rafalski, A. (1996). The comparison of RFLP, RAPD, AFLP and SSR (microsatellite) markers for germplasm analysis. Molecular Breeding 2(3), 225-238. https://doi.org/10.1007/BF00564200.
Ravishankar, K. V., Mani, B. H. R., Anand, L., & Dinesh, M. R. (2011). Development of new microsatellite markers from mango (Mangifera indica) and cross-species amplification. American Journal of Botany 98(4), e96-e99. https://doi.org/10.3732/ajb.1000263.
Reiter, R. S., Young, R. M., & Scolnik, P. A. (1993). Genetic linkage of the Arabidopsis genome: Methods for mapping with recombinant inbreds and Random Amplified Polymorphic DNAs (RAPDs). In Koncz, C., Chua, N. H., & Schell, J. (Eds.) Methods in Arabidopsis research (170-190). Farrer Road, Singapore: World Scientific Publishing.
Schnell, R. J., Brown, J. S., Olano, C. T., Meerow, A. W., Campbell, R. J., & Kuhn, D. N. (2006). Mango genetic diversity analysis and pedigree inferences for Florida cultivars using microsatellite markers. Journal of The American Society for Horticultural Science 131(2), 214-224. https://doi.org/10.21273/JASHS.131.2.214.
Tsai, C. C., Chen, Y. K. H., Chen, C. H., Weng, I. S., Tsai, C. M., Lee, S. R., Lin, Y. S., & Chiang, Y. C. (2013). Cultivar identification and genetic relationship of mango (Mangifera indica) in Taiwan using 37 SSR markers. Scientia Horticulturae 164, 196-201. https://doi.org/10.1016/j.scienta.2013.09.037. Yamanaka, S., Hosaka, F., Matsumura, M., OnoueMakishi, Y., Nashima, K., Urasaki, N., Ogata, T., Shoda, M., & Yamamoto, T. (2019). Genetic diversity and relatedness of mango cultivars assessed by SSR markers. Breeding Science 69(2), 332-344. https://doi.org/10.1270/jsbbs.18204.
Zhang, Y. X., Zhang, X. R., Hua, W., Wang, L. H., & Che, Z. (2010). Analysis of genetic diversity among indigenous landraces from sesame (Sesamum indicum L.) core collection in China as revealed by SRAP and SSR markers. Genes and Genomics 32(3), 207-215. https://doi.org/10.1007/s13258-009-0888-6.